Anak sungai
- Sungai Belayan
- Sungai Kedang Pahu
- Sungai Kedang Kepala
- Sungai Telen
- Sungai Tenggarong
- Sungai Karang Mumus
Geologi
Pada Atlas Kalimantan Timur (Voss, 1983)[3] digambarkan bahwa di sebelah hulu dari Long Iram (daerah aliran dungai Mahakam bagian hulu) sungai ini mengalir pada batuan tersier (tertiary rocks). Antara Long Iram dan Muara Kaman (daerah aliran sungai bagian tengah) sungai ini mengalir pada batuan alluvium kuarter (quaternary alluvium), sementara di antara Muara Kaman hingga ke hilir termasuk di Delta Mahakam, kembali ditemukan batuan tersier.