Air

ebagai kota yang dibelah Sungai Mahakam, Samarinda memiliki transportasi air tradisional sejak dahulu, yakni Tambangan dan Ketinting. Tambangan biasa digunakan sebagai alat transportasi menyeberang sungai dari daerah Samarinda Seberang ke kawasan Pasar Pagi. Ketinting menjadi moda transportasi sungai utama untuk menyeberangi sungai maupun menuju wilayah tertentu yang hanya bisa dinaiki oleh manusia dan barang. Sedangkan untuk mengangkut kendaraan, kapal feri sempat beroperasi menyeberangi sungai dari pelabuhan Harapan Baru, Samarinda Seberang ke pelabuhan Samarinda Kota. Namun, sejak pembangunan dan beroperasinya Jembatan Mahakam pada tahun 1987, tambangan dan ketinting mulai berkurang penumpangnya meski tak signifikan. Tetapi, yang paling merasakan kerugian adalah kapal feri hingga akhirnya pelayaran ditutup.

Sejak didirikannya transportasi utama Samarinda melalui Sungai Mahakam yang membelahnya di tengah-tengah, pada tahun 1987 baru dibangun Jembatan Mahakam yang menghubungkan Samarinda kota dengan Samarinda Seberang. Selain itu sudah dibangun dan diresmikan pada 2009 Jembatan Mahakam Ulu dan Jembatan Mahkota II (dalam tahap konstruksi).

Terdapat pelabuhan peti kemas yang berada di Jalan Yos Sudarso dan sekarang sedang dibangun pelabuhan baru yang terletak di kecamatan Palaran untuk menggantikan pelabuhan yang sekarang sudah tidak sesuai dengan kondisi kota. Pada tanggal 26 Mei 2010, pelabuhan baru tersebut selesai dibangun dan diresmikan dengan nama TPK Palaran dan saat ini dalam tahap uji coba